Jonas Jablonskis gimė 1932 m. birželio 5 d. Šiaulių apskr. Gilvyčių kaime. 1944-1945 m. mokėsi Bazilionų (Šiaulių apskr.) progimnazijoje, 1945-1952 m. – Šiaulių J.Janonio vidurinėje mokykloje. 1952-1957 m. studijavo Kauno politechnikos instituto Hidrotechnikos fakultete. Jaunas inžinierius hidrotechnikas buvo paskirtas į Lietuvos MA Energetikos ir elektrotechnikos instituto (dabar Lietuvos energetikos institutas) besikuriančią Hidroenergetikos laboratoriją.
Institute jis praleido gražiausius metus – 50 metų. Savo karjerą J. Jablonskis pradėjo nuo jaunesniojo mokslinio bendradarbio, vėliau konstruktorių grupės viršininko, vyr. mokslinio bendradarbio, šio instituto sektoriaus vadovo bei vyriausiojo mokslinio bendradarbio. Nemažas jo įnašas ir į visuomeninį instituto gyvenimą: vadovavo aspirantams, buvo keleto doktorantūros ir habilitacijos komitetų narys.
1993 m. jis parengė ir apgynė habilitacinį darbą. 1959–1961 m. buvo parengtas labai reikšmingas ir svarbus „Lietuvos TSR upių kadastras”. 1965 m. už šiuos darbus buvo suteikta Lietuvos Respublikinė mokslo ir technikos premija. Tai buvo pirmoji premija institute. „Lietuvos TSR upių kadastro” I ir III dalys buvo svarus pagrindas J. Jablonskio kandidatinei disertacijai „Lietuvos upių vandens ir energetiniai ištekliai”, kurią apgynė 1964 metais. „Lietuvos TSR upių kadastro” duomenys ilgai buvo naudojami Lietuvos organizacijose projektuojant hidroelektrines, užtvankas, kelių tiltus ir kt.
J. Jablonskiui dalyvaujant ar vadovaujant buvo išleistos monografijos: „Šventosios baseino hidrografija” (1973), „Pietryčių Lietuvos hidrografija (Upės)” (1975), „Šešupės baseinas” (1975), „Pietryčių Lietuvos hidrografija (Ežerai)” (1976), „Lietuvos upių nuotėkio kaita” (1978) ir kitos, iš viso 15 stambių mokslo leidinių.
Daug metų praėjus nuo paskutinių Lietuvos upių nuotėkį vertinančių darbų, reikėjo parengti naujus nuotėkio skaičiavimo metodus. 2001 m. Buvo išleistas autorių kolektyvo leidinys „Lietuvos upės. Hidrografija ir nuotėkis”, kurio vienas iš autorių buvo Jonas Jablonskis. Autoriams už šį reikšmingą darbą 2003 m. buvo paskirta Lietuvos valstybinė mokslo premija.
J. Jablonskis per visus savo mokslinės veiklos metus vienas ir su bendraautoriais yra paskelbęs apie 170 mokslinių straipsnių, padaręs 80 pranešimų mokslinėse konferencijose, parengęs 50 mokslinių ataskaitų.
Hidrologijos laboratorijos kolektyvas ir buvę bendradarbiai liūdi dėl iškilaus mokslininko netekties.
Velionis pašarvotas Juozapavičiaus g. 1 laidojimo namuose. Mišios už velionį vyks spalio 2 d. 9 val. Panemunės bažnyčioje. Laidotuvės spalio 2 d. Kuršėnų kapinėse.